Als während ihres letzten Jahres an der Highschool plötzlich ein mysteriöser Junge namens Aigami auftaucht, werden Yugi und seine Freunde das Gefühl nicht los, ihn zu kennen. Aigami zeigt ein besonderes Interesse an Yugi und, wie sich bald zeigt, auch am Milleniumpuzzle. Davon besessen, alle Teile des Puzzles in seinen Besitz zu bringen, legt sich Aigami bald mit Seto Kaiba an. Wie sich herausstellt, steckt hinter dem mysteriösen Aigami eine viel größere Kraft, welche Kaiba und Yugi nur besiegen können, wenn sie ihre jahrelange Feindschaft überwinden und sich dem gemeinsamen Gegner stellen. Vor ihnen liegt einer der schwersten Kämpfe ihres noch jungen Lebens…